Nato a Brescia, si stabilisce successivamente a Roma, dove nel 1960 s'iscrive al Centro Sperimentale di Cinematografia. Suo compagno è Marco Bellocchio. Segue il corso di montaggio tenuto da Maria Rosalda. Nel 1962 ottiene il diploma in regia col cortometraggio La veglia. Nel 1965 Agosti è montatore e co-sceneggiatore de I pugni in tasca di Marco Bellocchio. Nel 1967 esce il suo primo lungometraggio, Il giardino delle delizie, cui seguono altri lavori legati all'impegno sociale e civile dell'autore. Sempre con Bellocchio e insieme a Rulli e Petraglia nel 1975 gira all'ospedale psichiatrico di Colorno il film Matti da slegare, che propone una nuova interpretazione del rapporto cinema/verità. Dal 1976 al 1978 è docente di montaggio al Centro Sperimentale di Cinematografia. Negli anni successivi, oltre a promuovere l'opera d'altri autori di cinema - tra cui Franco Piavoli - Agosti si dedica anche all'attività letteraria. Del 2000 è La seconda ombra, un film dedicato al lavoro di Franco Basaglia. Fra i suoi libri si ricordano: Chiaro di luna, Il cercatore di rugiada, Lettere dalla Kirghisia, Come fare un film, Il ballo degli invisibili, Uova di garofano, Il ritorno di Pinocchio.